以下简介了使用AutoDock/Vina & PyMOL进行分子对接的软件环境准备工作。
主要软件有三个：

  • AutoDockTools, or ADT, is the free GUI for AutoDock.
  • AutoDock Vina, an open-source program for doing molecular docking.
  • PyMOL, an open source molecular visualization system.

AutoDockTools (ADT)可在Scripps研究所下载安装对应的版本，AutoDock Vina也是Scripps研究所出品。
下载安装，PyMOL需要Python支持，可以单独下载安装包安装，也可以使用Anaconda管理安装，Anaconda可以从TUNA镜像下载安装最新版本，之后使用命令conda install -c schrodinger pymol-bundle安装PyMOL，PyMOL提供约半年免费的Academic license(并未测试是否可以连续申请，看样子应该可以)，可以点击此处申请试用。